一方面，国地税分设会使纳税人的纳税成本增加，税务机关的征税成本增加，不利于税务人员全面掌握税收业务；
另一方面，随着全面实行营改增后，机构分设所导致的机构争议也成为问题。
国地税合并能带来便利
1、国地税合并方便了纳税人申报及应对税务机关检查，减少了企业的税收合规成本。
2、从政府的角度来说，中央和地方之间存在的只是税收收入分享主体的区别。随着近年来，信息化手段的飞速发展，电子政务的服务水平不断提高，中央和地方通过分开收税的方法分享税收收入已变得不必要。目前，中央和地方完全可以通过电子信息化系统的处理完成这一工作。
3、征税系统可以对人员进行更好的配置，提高税收征收的整体效率。
4、合并后，税务征收系统对内部门的工作量会因此减少，这样一来，从事对外业务的人员数量会有所增长，可以有更多力量为纳税人服务。
5、合并后，税务局可以一次对所有税种统一检查，避免了以往对非本单位的税收风险觉得事不关己高高挂起，选择视而不见；在对于企业所得税这种公管户问题上，以往经常有国地税执法口径不一互不入账的情况，合并后再统一地区的税收执法口径是一个声音了。
