《奈克赛斯·奥特曼》不同于我们小时候看的奥特曼的普通动画片，这次的《奈克赛斯·奥特曼》以更加精彩的剧情与动画效果完美的给观众呈现了一部优秀的动漫，能够让更多的人回忆起童年时光。
故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界看上去并没有发
生太大的变化，但是世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT，它的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（Night Raider）。他们的任务就是秘密消灭异生兽。
敌人异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克赛斯奥特曼登场了。奈克赛斯·奥特曼的适能者——一度失踪的战地摄影师——姫矢准也出现了。奈克赛斯·奥特曼斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。随后，TLT的切斯特战机进行合体后也可以进入这个空间，与奈克赛斯一起作战。
TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务。可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问：组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克赛斯和异生兽的原形到底是什么？……
孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并开始一步步地揭开谜底
