根据上述职责，南宁市规划管理局设10个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、统计、政务公开、对外联络、提案议案办理等工作；统筹城乡规划信息管理。
（二）法规监察科
组织起草地方性法规、规章草案；承担有关规范性文件的合法性审查工作；负责普法教育和城乡规划管理法律法规的宣传工作；指导、协调城乡规划管理依法行政工作；负责行政执法监督检查；负责行政复议和行政应诉；负责信访工作。
（三）城市规划科
开展城市发展战略研究；组织编制和审查报批城市远景规划、城市总体规划、市域城镇体系规划、近期建设规划、相关专项规划、控制性详细规划、重要地段修建性详细规划、重点地区城市设计、重点项目规划设计；审定建设单位或者个人提交的修建性详细规划；会同文物等主管部门负责历史文化名城、传统街区的审查报批和监督管理工作；提出和出具建设用地或者建设工程的规划条件；负责城市规划设计市场、城市勘察测量市场的监督管理工作；承担自治区首府规划建设管理委员会办公室的日常工作。
（四）建设用地管理科
拟订并组织实施建设用地规划管理政策、制度和规范；核发《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》；办理土地使用性质改变、土地使用权转让的规划许可手续。
（五）建筑工程管理科（行政审批办公室）
核发建筑工程《建设工程规划许可证》；组织建筑工程的验线和规划条件核实；负责城市雕塑的规划管理；负责城市市政建设配套费的征收审核工作；指导城市建设档案管理工作；牵头负责行政审批工作。
（六）市政工程管理科
组织编制或会同有关部门编制市政工程专项规划；审定市政工程设计方案；核发市政工程《建设工程规划许可证》；组织市政工程的验线和规划条件核实；负责城市总体规划确定的规划区内城市地下空间利用工程及城市绿化工程的规划管理工作。
（七）村镇规划科
审查报批城市总体规划确定的规划区内镇、乡总体规划和控制性详细规划；审查报批市辖县县域镇村体系规划、县人民政府所在地镇、自治区人民政府确定的镇总体规划和镇域镇村体系规划；会同文物等主管部门负责历史文化名镇、名村的审查报批和监督管理工作；指导市辖县城乡规划管理工作。
（八）总工程师办公室
拟订并组织实施城乡规划技术规范，研究、协调解决城乡规划重大技术问题；审定建筑工程设计方案、景观照明方案；组织开展重大建筑工程方案的征集、评选工作；承担南宁市城市规划工作委员会的日常工作。
（九）计划财务科
组织编制年度部门预决算；负责财务管理；负责城市市政建设配套费的征收工作；管理相关非税收入及票据；指导所属单位的财务和审计工作。
（十）人事科
负责机关和所属单位的机构编制、人事管理、干部教育培训、计划生育工作；负责机关和指导所属单位的离退休人员管理工作。负责机关和所属单位党群工作。
机关党组织负责机关和所属单位的党群工作，具体工作由人事科承担。
纪检监察室负责机关和所属单位的纪检监察工作。
