1、员工自动离职的，按劳动合同法用人单位也是要支付工资的。
2、如果因为员工自动离职，给用人单位造成损失的，可以要求赔偿。
3、法律依据《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
拓展资料：
1、自动离职是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。根据《劳动部办公厅关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》中对《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》第2条第1项中的“自动离职”的解释，是指职工擅自离职的行为。
2、职工自动离职给企业造成了损失，企业要求职工赔偿或交付违约金而发生的争议，称为自动离职争议。
3、解除劳动合同、辞职与自动离职的区别
（1）辞职、自动离职（又称擅自离职）是指劳动者解除与用人单位劳动关系的行为。在《劳动法》实施之后，也就是劳动者解除与用人单位劳动合同的行为。这就是解除劳动合同与辞职、自动离职的联系。
（2）解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。
（3）解除劳动合同适用的原因是双重性质的，既有惩罚性的，又有非惩罚性的。而辞职不具有惩罚性，自动离职往往是一种违法行为。
参考资料：
