第一, 二者并存于行政法之中, 缺一不可。政府的行政行为必须既合法又合理，任何合法不合理或合理不合法的行为均是不许可的。
第二，行政合法性原则是前提，行政合理性原则是补充。
第三，调整范围有区别。行政合法性原则既适用羁束行政行为，又适用自由裁量行政行为，而行政合理性原则仅适用自由裁量行为；行政合法性原则既适用行政管理，又适用行政诉讼，而行政合理性原则不适用行政诉讼。
第四，法律后果不同。违反行政合法性原则构成行政违法，违反行政合理性原则构成行政不当。行政违法和行政不当合称为行政瑕疵。行政瑕疵是行政法旨在防止和排斥的行政行为。控制和纠正行政瑕疵是我国行政法的重要任务。
