这个问题比较棘手！
农村集体土地上建设村民住宅房屋所占用的土地，称为宅基地。根据《宅基地管理办法》相关条文，宅基地的用途只能是建设村民住宅及住宅配套房屋使用，如建设厨房、厕所等。不能作为其他用途使用，如自己改变用途作为商业门店等。
目前，在征收农村宅基地上建设的房屋补偿时，都是按照其合法用途进行核定，不管实际用途是什么。当然，赔偿标准也是按照住宅房屋补偿的，但不能低于公告之日类似房屋的市场价格。
农村宅基地改变用途和在城市规划区内的国有土地上将住宅用途改变商业用途是不一样的。后者只要经过城市规划部门处罚，变更土地用途后，可以按照商业用途赔偿。而前者需要变更用途，手续太麻烦，首先需要将集体土地征收为国有土地，补缴出让金等一系列问题，操作性繁杂。
如果认定其为住宅用房，相应的停产停业损失也就得不到补偿了！
建议你多和征收部门沟通，多诉苦，也许能适当多点儿！
