1、起源不同
韩语：朝鲜王国的世宗大王于1443年（世宗25年）12月创建训民正音（即朝鲜谚文），在全国广泛发布是1446年（世宗28年），在标记韩语方面有着独创性和科学性。
字母和音素上有着很强的关联性。如字母“ㄴ”表示舌头接触口腔上壁。字母“ㄷ"和字母”ㄴ“都是舌音，但发音更强，所以在”ㄴ“上面加画构成字母“ㄷ"。其他字母‘ㄱ ．ㅋ’, ‘ㅁ ．ㅂ ．ㅍ’, ‘ㅅ ．ㅈ’, ‘ㅇ ．ㆆ ．ㅎ’ 也是根据这样的语音原理创制。
虽然朝鲜国创建了自己的文字系统，但是在朝鲜国的统治阶层两班中仍然偏好使用汉字。训民正音的表音字母系统一直到20世纪才开始大量使用。
日语：日语的起源一直是争论不休的问题。明治时代的日本人把日语划为阿尔泰语系，但阿尔泰语系这个说法已经普遍遭到否定，霍默·赫尔伯特（Homer Hulbert）和大野晋（Ōno Susumu）认为日语属于达罗毗荼语系，
西田龙雄（Nishida Tatsuo）认为日语属于汉藏语系，白桂思（Christopher I. Beckwith）认为日语属于日本-高句丽语系（即扶余语系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）认为日本语和琉球语可以组成日本语系。
有一种假设认为南岛语系、壮侗语系和日本语系可以组成南岛-台语门（Austro-Tai languages），即认为三者都有共同的起源。
2、语法不同
韩语：语法结构是主宾谓（SOV）结构，不同于汉语的主谓宾（SVO）（实际上汉语兼具主谓宾、主宾谓以及宾主谓三种结构。如“把”字句可视为主宾谓结构，“被”字句可视为宾主谓结构）。
日语：按语言结构特点分类，日本语属于黏着语。SOV语序。在语言表达上分为简体和敬体，另外有发达的敬语体系。作为一种基本的结构，典型的日本句子的句式是主语－宾语－谓语。
在日语中，不像在英语中，词序并不能表明名词在一个句子中的语法作用。名词并不象有些语言中那样，会因语法需要加以变化。代之，语法作用是通过名词后面的虚词来表示的。
重要的是が（ga）， は（ha），助词读做Wa），を（o），に（ni）和 の（no）。虚词は（作助词时读作wa）特别重要，因为它标志着一个句子的话题或主题。
日语中的动词变格不能反映出人称和单复数。在现代语中，所有动词在现代日语字典中的形式都是以一部分U段假名结尾（う、く、ぐ、す、む、つ、ぬ、ぶ、る）。
这样，动词“食べる”（taberu）就像英语中"吃"的动词原形“eat”，尽管它本身实际上是一般现在时，意思是“eat（吃的动词原形）/ eats（吃的第三人称单数）”或者“will eat”（将吃，吃的将来时）。其它的一些变格形式是“食べない”。
3、使用范围不同
韩语：韩语是朝鲜半岛的原生语言，使用人数7700万，韩语属于孤立语系，历史上曾用汉字标记，并且融入汉语词汇，1443年世宗大王创造出与韩语高度吻合的韩语字母。
据联合国《2005年世界主要语种、分布、应用力与影响力调查》。全球约8000万人使用。但是拼音化导致的同音词分辨困难亦是朝鲜谚文专用下语言文字应用的难点。
日语：日语的使用范围包括日本国全境（琉球地区大部分使用，有原住民使用琉球语，日本不承认琉球语为独立语言）。
日语在世界范围使用广泛，因为日本动漫产业在世界范围内的影响力，虽不是联合国工作语言，在世界上影响力也很大。特别是对于与ACG相关的物什，日语几乎是唯一的用语。
日语主要在俄罗斯，东亚，东南亚，南亚，大洋洲，美国，加拿大，墨西哥，南美洲等国家和地区，及欧洲的英国为少数的重要语言。
参考资料来源：百度百科-韩语
参考资料来源：百度百科-日语
