第一批台湾自由行城市仅为三个自由行城市于2011年6月28日开放，分别为：北京、上海、厦门。
第二批台湾自由行城市于2012年4月28日开放，分成两阶段，第一阶段开放天津、重庆、南京、杭州、广州、成都六城市，第二阶段于2012年8月28日开放济南、西安、福州、深圳4城市。
第三批2013年6月28日起启动，依然分成两个阶段，第一阶段为沈阳、郑州、武汉、苏州、宁波、青岛6座台湾自由行城市，第二个阶段于8月28日起开放石家庄、长春、合肥、长沙、南宁、昆明和泉州7座城市。
第四批2014年内地又增加10个自由行城市分别为：漳州、太原、贵阳、烟台、哈尔滨、中山、大连、温州、南昌、无锡。
目前，总共开放36个自由行城市，台湾自由行入台证，由爱台湾商务网办理。
