1、在民事案件中，双方都证据不全时，法院判决的依据是由负有举证责任的一方败诉，一般应该判决驳回原告的诉讼请求。
在民事诉讼中，原告首先对自己主张的权利和事实负有举证的义务，如果原告不能举证证明自己的主张，或证据不足于证明自己的主张的，应该由原告承担举证不能的不利后果。
2、在民事案件中，不适用疑罪从无原则，只有在刑事案件中才有疑罪从无的规定。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第二条当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。
