执业药师资格制度有待完善。在法律上，目前还没有专门的执业药师法，自1994年我国确立执业药师制度以来，一直缺乏法规支持，地位不明确，目前我国还未有一部关于执业药师的专业法律，而且围绕建立药师法还是执业药师法的争议也迟迟未得到解决。在制度，我国执业药师被错误定位为“药品质量管理员”，在零售药店，其商业经营性质更远远大于服务性质。在整合上，体制不顺致使卫生与药监体系无法整合。卫计委和药监局之间各为独立的体系，为执业药师的立法带来诸多困难。
执业药师素质有待提升。一方面，药学高等教育需要调整。目前，执业药师的数量主要集中在制药行业和医疗机构，零售药店所占比例很小，这是由于我国医药学科的教育本身具有的缺陷。学校教育要以学习主要以工业和生产为核心，而对服务范畴体系的学习则少之又少。另一方面，执业药师队伍规模的快速增长使得其数量已经不是大问题，提升准入者质量成为关键所在。2015年4月底，全国注册执业药师学历大专以下的比例占到了68%，本科却只有32%。此外，继续教育工作要还需加强管理。当前，我国的药师学会所提供的教育课程只能满足一部分零售和临床执业药师的需求，在师资和课程等方面都不够完善——没有要求、没有标准、缺乏针对性。
执业药师监管模式有待调整。近年来，我国执业药师的注册率逐年增长，但是在岗率却很低——多为应付检查，重新挂证，有的最多一年可以变更十三次，挂了十三个门店。很多药店都存在着“不真用、不能用和不够用”的情况。
