“三证合一”或“五证合一”后，存量纳税人营业执照(税务登记)发生变更，需要到工商部门办理变更手续。工商部门将收缴原税务登记证，同时核发“一证一码”营业执照，换发后，证照号码将从15位升位到18位，因此，纳税人还需要前往不同部门，办理涉及更换税务登记证号码的事项：
1、发变更税务登记号(税务部门)
取得“一照一码”登记证(照)的纳税人应及时到税务机关进行确认和变更。
由于有许多纳税人有税控设备，为了保证税控设备与税务登记号的一致性，所以纳税人五证合一换号后，国税部门不会自动变为新号，而需要纳税人到国税办理税务登记号变更。目前在国税没有申请过任何发票的企业可以用一证通方式登录网上办税厅进行税务登记号变更。而在国税有过票种核定的企业则只能到国税办税服务厅办理税务登记号变更。
建议纳税人月初申报完成后再变更税务登记号。
文件规定纳税人国税、地税任意一方税务机关变更登记后将信息与另一方税务机关共享，但需要纳税人确认，所以纳税人也需要到地税办税服务厅进行变更税务登记号的确认。
2、国税变更税务登记号的具体流程
以下流程是为了顺利完成变号，不用进行异常清卡，缴销发票等等其他手续。
类别相应办理事项
小规模无税控设备1.变更月(季)初完成申报税、扣款
小规模有税控设备1.变更前一月(季)将所有发票开具完毕，从变更月初到变更完不买发票、不开发票
2.变更月(季)初完成抄报、申报税、清卡、扣款
一般人有税控设备1、变更当月系统无法自动验旧，变更前一月将所有发票开具完毕，从变更月初到变更完不买发票、不开发票。
2、变更月初完成抄报、申报税、清卡、扣款
3、纳税人取得的购方税务登记证号为旧税号的抵扣联，请在变更前认证并抵扣完毕。变更为新号后可能无法认证，需换票
4、纳税人取得的红字信息表尚未开具红字发票的，应及时开具红字发票，变更为新税号后将无法开具。
5、辅导期纳税人、“先比对后抵扣”海关缴款书，在旧号期间上传的发票或海关缴款书，应在结果返回确认并抵扣后再办理变更手续。
6、纳税人变更税控后第二天(注意开票日期)才能取得新18位税号的抵扣联，否则无法通过认证。
