从你的叙述来看，随着公司下属大多数分公司与其他公司合资组建有限责任公司后，原来的公司总部有了新的定位、职能、发展，与原有的定位、职能产生了不小甚至大相径庭的差异。
新的组织结构也需要从定位、职能、未来战略发展等几个方面来考虑：
1、大多数分公司都合资重组了，是否还需要或有必要通过总公司来统一管理？（这取决股份比例以及公司的能力、资源）如果不需要统一管理，那么总公司基本上就可以淡出具体管理，只侧重管理资产。
2、公司是否有能力和资源来实施管理，或能够实施到怎样的程度？如果各分公司的合资方有更优势的管理资源，那么公司完全可以将注意力放在整合、协调、监督和沟通上。原有的一些职能部门完全可以整并甚至撤裁。
3、公司对未来发展的目标愿景以及战略发展思路怎样？如果公司希望能够进一步地整合行业资源，那么公司总部组织架构应反映出对战略和投资的职能倾斜来。如果公司希望保持并稳定现有规模，防止在竞争市场业绩下滑，那么公司总部组织架构和职能行使应向资产经营、风险监控倾斜。
4、根据合作方的资源、优势、能力以及自身的资源、优势、能力，来考虑有没有必要设置独立的公司总部？抑或进一步整合合作方组建股份制的公司总部？
不过，从运输企业的行业特点来看，一个小而精悍的公司总部可能是合理的，毕竟无论分公司还是车辆都可以“承包”出去独立经营。（不过，调度、调配、服务品牌等是否需要公司来承担？）
