应该后者是对的。
理由：
1、土地增值税暂行条例实施细则第十一条：纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过本细则第七条（一）、（二）、（三）、（五）、（六）项扣除项目金额之和20％的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20％的，应就其全部增值额按规定计税。《土地增值税暂行条例实施细则》。
2、国家税务总局关于印发《税收减免管理办法（试行）》的通知（国税发[2005]129号）第六条纳税人同时从事减免项目与非减免项目的，应分别核算，独立计算减免项目的计税依据以及减免税额度。不能分别核算的，不能享受减免税；核算不清的，由税务机关按合理方法核定。
综上：纳税人从事普通住宅、非普通住宅和非住宅开发销售应当分别核算增值额，未分别核算的，不能享受税收优惠政策。当然可以不分别核算，即自动放弃税收优惠政策。
