虎门大桥建成初期采用开放式收费方式收费，主线收费站位于南沙，共有40条收费车道。2005年12月19日，虎门大桥主线收费站撤销，虎门大桥的收费方式由开放式转变为封闭式，使珠江口东岸的广深高速公路、虎岗高速公路、莞深高速公路与西岸的中鹤高速公路、广澳高速公路、西部沿海高速公路六条高速公路实现联网收费。
虎门大桥按汽车类别收取不同的通行费，分为一类、二类、三类、四类和五类共5个收费档次。太平至威远（未跨江）桥段的收费标准分别为人民币10元、15元、20元、30元和35元；太平至南沙（跨江）分别为40元、60元、80元、120元和130元；太平至亭角（跨江）分别为40元、60元、80元、120元和140元。
随着超限超载车辆与日俱增，虎门大桥早已不堪重负。为保证大桥安全，省公路建设公司表示，虎门大桥公司结合原有收费广场的实际情况，在莞佛高速虎门大桥段双向共设立了15条货车超限检测车道(东行7条、西行8条)，并添设了电子感应磅、执法计算机、执法室等一系列治超硬件装备，对货车与小客车实行主线与治超专用道的分离，“
也就是说，从7月28日开始，每一辆要上虎门大桥的货车都必须接受检查，如果被查到超限超载，司机必须就地卸载超重货物，同时交管部门还将对司机进行处罚。
