主要区别：
第一，报告名称不同，一个叫审计报告，一个叫企业所得税汇算清缴鉴证报告。
第二、使用对象不同，前者可以广泛用于包括税务部门在内的政府机构部门、银行贷款、新投资人、董事会、股东社会公众等等，后者主要用于税务机关或审计机关。
第三、报告内容不同，前者可以但并不限于包括所得税清缴事项，后者局限于所得税清缴事项，所以后者又可以称为专项审计报告。
第四、审计依据不同，前者主要依据审计准则和会计制度等标准，后者主要依据税务法规文件，不主要依从会计法规。
二者差异可以举例说明如下：企业所得税汇算清缴鉴证报告对于有时候一些不符合税法扣除标准的一些费用必须给踢出来，一些不能入账的票据都要查出来。看看企业是不是正常的纳税，如果有些地方不正常、不对，就需要补交税款。
但是审计报告依据不同，未必会用相同标准剔除。
