区别一、股权集中度不同。
持股51%的绝对控股股东，一般拥有公司股份的50%以上，对公司拥有绝对控制权。而持股49%的较大的相对控股股东，同时还拥有其他大股东，所持股份比例在10%与50%之间。
区别二、股权构成不同。
股权结构可以被区分为控制权不可竞争和控制权可竞争的股权结构两种类型。占有51%的在控制权可竞争的情况下，而剩余49%控制权和剩余索取权是相互匹配的，股东能够并且愿意对董事会和经理层实施有效控制。
区别三、监督作用不同。
在控制权不可竞争的股权结构中，企业控股股东的控制地位是锁定的，对董事会和经理层的监督作用将被削弱。也就是说，占有51%股权的，不会被占有49%股权的人监督，或者监督作用没有那么强。
区别四、权利和义务不相同。
在占有51%控制权可竞争的股权结构模式中，大股东有动力去向经理层施加压力，促使其为实现公司价值最大化而努力；而在占有49%控制权不可竞争的股权结构模式中，剩余控制权和剩余索取权不相匹配。
控制股东手中掌握的是廉价投票权，它既无压力也无动力去实施监控，而只会利用手中的权利去实现自己的私利。所以对一个股份制公司而言，不同的股权结构决定着股东是否能够积极主动地去实施其权利和承担其义务。
区别五、竞争和利益不同。
在占有51%的控制权可竞争的股权结构模式中，股东大会决定的董事会能够代表全体股东的利益；而在占有49%的控制权不可竞争的股权结构模式中，由于占绝对控股地位的股东可以通过垄断董事会人选的决定权来获取对董事会的决定权。因而在此股权结构模式下，中小股东的利益将不能得到保障。
参考资料来源：百度百科-股权结构
