6.2.1 建立健全水源区生态环境法制和体制管理
(1)将水源区生态环境保护纳入法制轨道: 水源区的生态环境和水资源、水质保护涉及面广，工作量大，应在国家已颁布的各类各种水源保护、水土保护、环境保护法律法制的基础上，组织有关部门起草制定 《南水北调中线工程水源区生态保护和水污染纺织管理条例》，将此项工作纳入法制轨道，使保护水源区环境质量和水质量的规定有章可循，依法行事。
(2)强化生态环境保护政府负责制: 根据 《环境保护法》要求，水源区各级政府应当实行好环境保护目标责任制，把辖区内生态环境质量的改善情况作为考核政府主要领导人业绩的主要内容，做到责任到位，投入到位，措施到位。对环境目标完成好的地方政府，应给予表彰和奖励; 对不能完成环境保护目标的地方政府，追究主要领导人的行政责任。
(3)加强生态环境建设的各政府职能部门的合作与协调: 生态环境建设不单纯是环境保护部门的职责，需要多个部门的合作与协调。水源区各级地方政府各有关部门应根据各自的职责把生态建设和环境保护纳入自身工作中。各职能管理部门应按照各自分工，加强自然资源开发的规划和管理，加强行业指导，确保生态环境建设质量。
6.2.2 建立水源区生态环境建设的经济保障机制
(1)在水源区生态建设和污染防治项目资金上给予支持: 丹江口水库及其汇水区域的环境保护工作，应坚持 “预防为主，防治结合和综合治理”的方针，国家应从保护源头水质的角度出发，将治污资金向源头倾斜，以促进汇水区域内的环境、经济和社会的协调发展。
(2)建立水源区生态补偿机制和有偿用水价格体系: 从国家整体利益和水源区、用水地的各自利益出发，运用市场经济手段，协调南水北调中线工程水源区和用水地之间的经济利益关系，建立生态补偿机制。南水北调中线工程将引起水源区移民、土地淹没和部分企业停产、搬迁，并限制汇水区域内工农业生产的发展。加之早期建设渠首工程导致植被毁损、水土流失及污染等问题严重。水土保持、废物资源化和环境综合治理等任务十分繁重，且投资数额大。建立生态补偿和有偿用水价格体系，是从根本上改善水源区生态环境的有效途径，也是确保优质水进京、津、冀、豫等受益地区的关键。
(3)建立封禁区群众生产生活补贴机制: 对于封禁区 (包括退耕还林还草区)要建立健全吃粮补助、生活补贴、饮用水源、燃料来源、生产门路等有关问题的解决途径和补偿机制。继续坚持退耕还林还草对农民的粮食补贴和种苗补贴政策，帮助群众解决饮水问题，保证饮水安全; 帮助群众因地制宜地开展农副业生产，有计划地安排外出打工等，使农民生产有收益，生活有保障。把群众的生产生活问题解决了，群众才会自觉地维护封禁措施落实，参与水土保持建设，巩固生态治理与恢复成果。
6.2.3 加大对水源区城镇基础建设投入
在水源区工业污染源达标排放后，生活污水的负荷所占比重将越来越大，西峡、淅川两县处在南水北调中线工程源头丹江口水库主要支流老灌河和丹江上游，需要从根本上解决城镇生产生活的污染问题。
6.2.4 加强水源区水质和生态环境监测手段
为了准确地掌握库区及其主要支流水质变化动态和生态环境变化情况，应强化水源水质和生态环境监测手段，将源头及其主要支流水质监测点纳入国家水环境、水质监控网点管理之中。在南水北调中线工程源头丹江口水库及主要汇水河流建设水质监控点，将其纳入国家水环境、水质监控网点; 在水源区 4 县 (市)设立生态环境监测站，为中线工程的开工建设和建成后的调水提供及时准确的水质和生态环境监测数据。
6.2.5 加强环境保护生态建设宣传与公众参与
加大对环境宣传教育的投入，提高宣传教育手段现代化水平，充分发挥新闻媒介的舆论监督和导向作用，定期向社会公布环境、生态质量和环境污染信息，加强环境保护基本国策和可持续发展战略的宣传，巩固和扩大中小学环境教育的成果，使公众确立保护水源地水质的重大意义，具有自觉地保护水源地水质的行为。鼓励公众参与生态环境保护事务、完善建设项目和重大决策环境影响评价公众参与机制和程序，使广大群众具有知情权、参与权和否决建议权，在全社会形成自觉保护生态环境的良好氛围。
