一、个人所得税
通常情况下，自然人投资者转让其持有的股权时，应就股权转让所得缴纳个人所得税。在国家加强对个人投资者股权转让所得税征管的背景下，2014年12月7日国家税务总局出台了《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），自2015年1月1日起开始实施。《管理办法》对个人股权转让的所得税问题作了相应规定。
第四条规定：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。因此，要确定应纳税所得额，首先要确定股权转让收入和股权原值及合理费用之和。
（一）股权转让收入的确定
在投资者转让未缴足出资取得的股权时，我们首先来分析股权转让收入如何确定。《管理办法》第七条规定，股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。第八条规定，转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。此外，《管理办法》赋予了税务机关核定征收权，即在税务机关有理由认定股权转让收入不公允时，税务机关可以参考一系列的方法核定股权转让收入。第十一条规定，对于申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。第十二条规定，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，应视为股权转让收入明显偏低。第十四条规定，对于需要核定股权转让收入的，主管税务机关应依次按照净资产核定法、类比法以及其他合理方法核定股权转让收入。
作为股权转让所得个人所得税管理的主要执法依据，《管理办法》把“股权对应的净资产份额”作为判断申报的股权转让收入是否明显偏低的依据之一，并将其用于最常用的“净资产核定法”中；因此，如何确定股权对应的净资产份额，在很大程度上影响了股权转让收入的核定及纳税人的税负。
（二）股权原值及合理费用的确定
在投资者转让未缴足出资取得的股权时，我们再来分析股权原值及合理费用如何确定。实践中，征纳双方的争议焦点也在如何确定股权原值上。在认缴制下，投资者转让的股权可能只是认缴出资，并未进行实缴或未足额实缴。在此情况下，股权原值是认缴的出资额，还是实缴的出资额呢？
《管理办法》第十五条和第十六条规定了“以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值”等六种确认个人转让股权原值的方法。而对于认缴制下未实缴的股权原值如何确认，《管理办法》中并没有明确的规定，只是在第十五条第五款中规定了“除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值”的原则性规定。但是广西地税局发布的《股权转让所得个人所得税管理实施办法》第九条第一款第4项明确规定，自然人股东未缴足资本的部分不得计入股权原值。
对于合理费用的确定，《管理办法》第四条规定，合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。广西《实施办法》第十二条规定，合理费用是指自然人股东在转让股权过程中按规定缴付的税金及费用，包括印花税、资产评估费、中介服务费等。股权转让合同属于印花税“财产转移书据”税目的征收范围，转让方和受让方应按照合同金额的万分之五分别缴纳印花税。此外，在股权转让中发生的资产评估费用、会计师费用、律师费用等也是合理费用的一部分，可以在计征应纳税所得额时从收入中扣除。
二、企业所得税
实际上，就单笔股权转让而言，在企业所得税和个人所得税的计算上，除适用税率不一样外，基本的税法原理和计税的方式方法是一致的。两者的区别主要在于，个人所得税是分项征收，对于单笔股权转让产生的所得，自然人投资者应当申报缴纳个人所得税。而对于法人股东，企业所得税的计算和缴纳采用的是“分月或季度预缴，年度汇算清缴”的方式，股权转让所得是投资收益的一部分，至于企业最终要不要实际缴纳企业所得税，要从企业在该年度的整体的盈亏情况去看，并且还要考虑以前年度可以抵扣的亏损，因此对于企业而言，即使该笔股权转让有所得，但是也不一定意味着企业需要缴纳企业所得税。
三、印花税
根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定》（国税发〔1991〕155号）第十条的规定，“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。根据《印花税暂行条例》（国务院令第11号）的规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据，立据人按所载金额的万分之五贴花。
因此，关于转让未缴足资本的股权的印花税问题，应以股权转让协议约定的股权转让价格作为印花税的计税依据。
从《管理办法》可以看出，股权转让收入包括因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益，可以减除的股权原值则执行实际支付原则和避免重复征税原则。股权转让是权利义务关系的全部转移，未履行完出资义务的股权转让，如果后续出资义务由受让方承担，转让价格不包括未缴足的出资额，转让收入相对较低，未实际缴纳的出资额也不应扣除；如果后续的出资由转让方承担，转让方需要在转让前缴足认缴资本，转让价格包括了其全部的出资额，允许扣除的股权原值也应包括其实际缴付的出资额。
企业遇到这类问题时，应与税务部门进行充分的沟通协商，同时，就越来越普遍的认缴制下未履行出资义务的股权转让行为，有关部门应尽快出台明确的法律法规规定，规范其中的税务处理。
