1.不需要缴纳个人所得税，因为是平价转让
2.甲要缴纳5000万*20%*0.005%=5000元；乙要缴纳5000万*10%*0.005%=2500
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1、虽然股权有瑕疵，但是该股东仍拥有股权，也就可以对股权进行转让。但是转让瑕疵股权的股东所负的出资义务并不随股权转让而消失，除非股权出让人与受让人之间有约定，否则出让人仍有补足出资的义务。
2、《办法》对股权转让收入的规定可概括为以下三个方面：
（1）股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。
（2）转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。
（3）纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应当作为股权转让收入。
法律依据：《关于发布 <股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》第二十条规定：“具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：（一）受让方已支付或部分支付股权转让价款的；（二）股权转让协议已签订生效的；（三）受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的；（四）国家有关部门判决、登记或公告生效的；（五）本办法第三条第四至第七项行为已完成的；（六）税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。”
