第一、法律适用方面的差异。审理“医疗事故损害赔偿”案件适用《医疗事故处理条例》及相关的法规文件，主要从医疗行政层面进行处理；而审理“医疗人身损害赔偿”案件则要适用《民法通则》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，主要从民事侵权赔偿责任层面进行处理。
第二、鉴定类别方面的差异。“医疗事故损害赔偿”案件，一律需要医疗事故技术鉴定，必须委托医学会组织专家组进行医疗事故技术鉴定，这是一种硬性要求；而“医疗人身损害赔偿”案件对司法鉴定没有硬性要求，当事人可以自由选择是否可以进行司法鉴定。
第三、赔偿项目方面的差异。“医疗事故损害赔偿”的赔偿项目包括医疗费、伙食补助费，伤残损害赔偿金等11项，但没有“死亡赔偿金”。而一般医疗人身损害赔偿包括12项，与“医疗事故损害赔偿”相比，增加了“死亡赔偿金”这一项目。
第四、赔偿数额方面的差异。在赔偿数额方面，《高法意见》规定：“确定医疗事故损害赔偿标准，应当参照《医疗事故处理条例》第49条至第52条的规定；如参照《医疗事故处理条例》处理将使患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用《民法通则》及相关司法解释的规定适当提高赔偿数额”，“确定一般医疗人身损害赔偿标准，应当适用《民法通则》及相关司法解释的规定”。以一个城镇居民死亡为例，按“医疗人身损害赔偿”案审理，可能赔偿二十余万元；而按“医疗事故损害赔偿”案审理，则最多可能只能赔偿五、六万元左右。
