一、两者的报销种类不同：
一档不建立个人帐户，统筹基金按照职工基本医疗保险市级统筹规定的比例，支付参保人员住院以及以下特殊病种门诊治疗符合规定的医疗费用：1．恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗；2．肾功能衰竭病人的透析治疗；3．肾移植后抗排异治疗；4．血友病。
二档要建立个人帐户，统筹基金按城镇职工医疗保险市级统筹规定的比例和范围，支付参保人员住院和特殊病种门诊治疗符合规定的医疗费用。
二、两者的交费年限不同
在每年缴纳医疗保险费的时候，参保人员都可以自由选择按一档参保还是按二档参保。参保人员缴满本人缴费年限并达到法定退休年龄，要享受二档医疗保险待遇的，二档实际缴费年限应达10年,二档实际缴费年限不足10年的，须补齐不足年限的缴费，才能享受二档待遇，补缴标准按补缴之月一档和二档的差额计算。
三、两者的交费不同
以重庆为例，一档全年缴费1912.8元，二档全年缴费4208.4元。
扩展资料：
以重庆市为例，医疗保险缴费标准为两档，参保人自主选择其中一档参保：
一档：医疗保险费按上年度本市经济单位职工平均工资的5%缴纳（1%用于建立大额医疗费互助保险）。
二档：医疗保险费按上年度本市经济单位职工平均工资的11%缴纳（1%用于建立大额医疗费互助保险）。2009年度缴费比例降低2个百分点（不含一次性趸交）。
对国有企业“双解”人员和关闭破产解体城镇集体所有制企业退休人员中的部分困难人员补助办法另行制定。
