治疗方法上没有很大的区别，主要区别是一个只能提供咨询服务没有开精神科药物的资格，一个有医师资格证所以有处方权。
精神科医生因为必须有医师资格证，所以神经生理学方面的修养比较深厚一些，也较为依赖CT、精神类药物、住院治疗之类的传统医疗机构采用的做法。心理咨询师只要考取国家心理咨询师证就可以了，所以其提供的服务以谈话疏导为主，其治疗手段更为灵活，往往会掺杂各种超个人心理学和新时代运动——即各种禅修、宗教、吸引力法则等不属于”科学“的内容。
另外由于没有开药权，咨询师遇到需要吃药或住院的重性精神病必须转介给精神医院。这就造成了服务的分层：精神病归精神医院，而神经症归心理咨询师。
