1、通讯费：《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号]第二条关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题规定，个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。
公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
因此，目前，各地对通讯费的扣除标准及征收方式不尽相同，由各省级地方税务局根据纳税人公务费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
2、交通费：《国家税务总局关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函[2006]245号）第一条规定，因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
第二条规定，具体计征方法，按《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）第二条“关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题”的有关规定执行。
因而，对于您所述的员工以报销方式取得的交通费应按上述规定进行处理，对于这类交通费属于工资薪金所得，应并入当月工资薪金所得计征个人所得税，如果当地有扣除标准，可按扣除标准后的金额计入工资合并纳税。
