除行政长官外，香港政府由三层架构组成：
行政长官是香港政府的政府首脑，负责领导香港特别行政区政府，此职位成立于一九九七年，大致代替香港总督的职权。辖下由三层架构组成：
第一层是司长，即政务司司长、财政司司长和律政司司长。他们均是由行政长官委任，负责制订香港政府最主要的政策，并直接向行政长官负责。
第二层是决策局，又称为政策局，职能类似英国政府的部长，负责制订、统筹及检讨特订范筹，如卫生、运输、保安等的政策，和监督属下执行部门的工作，所有决策局又共同组成政府总部，前行政长官董建华于2002年7月1日实行问责制之前，所有决策局均只向政务司司长或财政司司长负责；实行问责制后，改为直接向行政长官负责。
2005年10月12日新任行政长官曾荫权在他首份施政报告中又改为决策局先向政务司司长和财政司司长汇报，二人才再向行政长官汇报。
第三层是部门，是政府政策的执行部门，例如卫生署、警务处等，首长皆为香港公务员。
另外少部分政府部门如廉政公署及审计署皆直属行政长官。
现任行政长官是梁振英。
补充：(2002年7月1日—2007年6月30日）的十一局
公务员事务局
政制事务局
教育统筹局
环境运输及工务局
卫生福利及食物局
民政事务局
房屋及规划地政局
保安局
工商及科技局
经济发展及劳工局
财经事务及库务局
2007年7月1日运作的决策局
教育局
商务及经济发展局
政制及内地事务局
保安局
食物及卫生局
公务员事务局
民政事务局
劳工及福利局
财经事务及库务局
发展局
环境局
运输及房屋局
「三司十一局/三司十二局」是司长及决策局的统称，自前行政长官董建华於2002年7月1日实施问责制后开始被传媒使用。
第三层是部门，是政府政策的执行部门，例如卫生署、警务处等。
2012年政府重组时的决策局
教育局
资讯及科技局
工商及旅游局
政制及内地事务局
保安局
食物及卫生局
公务员事务局
民政事务局
劳工及福利局
财经事务及库务局
房屋及规划地政局
环境局
运输及工务局
文化局
2015年11月20日运作的决策局
教育局
商务及经济发展局
创新及科技局
政制及内地事务局
保安局
食物及卫生局
公务员事务局
民政事务局
劳工及福利局
财经事务及库务局
发展局
环境局
运输及房屋局
