一、员工每月工资薪金收入扣除“五险一金”后，超过5000元，要计算缴纳个人所得税。
二、工资薪金个人所得税的计算
(一)每月取得工资收入后，先减去个人承担的基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金，以及按省级政府规定标准缴纳的住房公积金，再减去费用扣除额5000元/月（来源于境外的所得以及外籍人员、华侨和香港、澳门、台湾同胞在中国境内的所得每月还可附加减除费用3200元），为应纳税所得额，按3%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
(二)计算公式：
应纳个人所得税税额=应纳税所得额*适用税率-速算扣除数
应纳税额=工资薪金收入-5000-“三险一金”
来自国家税务总局的扣除标准实施细则表明，除13500元之外，税前扣除的项目还包括三大类。
一是国家规定的三险一金，即养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金；
二是单位给予的5种补助费用，即个人取得的独生子女补贴、托儿补助费，市内交通费、书报费和洗理费；
三是退休职工的工资和两院院士津贴等特殊津贴。
其中的书报费和洗理费等几种补贴，一定要在北京市财政规定的费用标准之内才能免税，如果单位超额发放、超出的部分一样要缴纳个人所得税。
(三)工资、薪金不含税收入适用税率表
（税前工资－5000)×税率=个人所得税税额
扩展资料：
关于税款征收的部分相关规定：
1、税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。
2、除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
3、扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。
4、纳税人、扣缴义务人按照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的期限，缴纳或者解缴税款。纳税人因有特殊困难，不能按期缴纳税款的，可以延期缴纳税款。
5、纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
6、纳税人依照法律、行政法规的规定办理减税、免税。
7、税务机关征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证。扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。
8、纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额:
(一)依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的;
(二)依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的;
(三)擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的;
(四)虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的;
(五)发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;
(六)纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。
9、企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用;不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。
10、纳税人在限期内已缴纳税款，税务机关未立即解除税收保全措施，使纳税人的合法利益遭受损失的，税务机关应当承担赔偿责任。
11、从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人未按照规定的期限缴纳或者解缴税款，纳税担保人未按照规定的期限缴纳所担保的税款，由税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，经县以上税务局(分局)局长批准，税务机关可以采取下列强制执行措施:
(一)书面通知其开户银行或者其他金融机构从其存款中扣缴税款;
(二)扣押、查封、依法拍卖或者变卖其价值相当于应纳税款的商品、货物或者其他财产，以拍卖或者变卖所得抵缴税款。
税务机关采取强制执行措施时，对前款所列纳税人、扣缴义务人、纳税担保人未缴纳的滞纳金同时强制执行。
个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品，不在强制执行措施的范围之内。
12、本法第三十七条、第三十八条、第四十条规定的采取税收保全措施、强制执行措施的权力，不得由法定的税务机关以外的单位和个人行使。
13、税务机关采取税收保全措施和强制执行措施必须依照法定权限和法定程序，不得查封、扣押纳税人个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品。
决定处以罚款、没收违法所得的，税收优先于罚款、没收违法所得。
税务机关应当对纳税人欠缴税款的情况定期予以公告。
