首先要确认你这里所说的集体是指工厂本身还是村小组。
如果此工厂不是某村小组利用本村土地所建盖的，并且其持有房产证和土地证，那么其权属来源就是合法有效的。
鉴于当前你的情况，卖方持有房产证，但土地证还是单位的名字。这种情况，必须单位出面到所属的土地部门办理大证分割，然后请测绘单位为此块土地及地上建筑物进行数据采集和测绘，后提交土地部门办理个人土地证。
因单位倒闭，很可能已经找不到当时的大土地证。这种情况就比较麻烦，因为此幢住宅楼无一住户持有个人土地证，必须此楼的每一住户提交其房产证，等相关证件，联名到当地土地部门备案，并登报注销原有大土地证，再行办理。
有一点是肯定的，只有颁发过房产证的房屋就是合法有效的，出了问题，房管局是要担责任的。小产权房是办理不了房产证的，是三无产品。
