不是同一个政府。中华民国临时政府是1911年辛亥革命后成立的，而南京国民政府是蒋介石在北伐大革命之后1927年在南京成立的。
中华民国临时政府是中华民国于1912年1月1日成立，后不久由孙中山在南京成立之临时管治机构，也是中华民国建国以来第一个中央政府机构，又称南京临时政府，简称临政。孙中山宣誓就任中华民国临时大总统，并改用民国纪年，中华民国正式建国。其存在时间约3个月。1912年1月，中华民国临时政府成立。
南京国民政府（1927年4月18日～1948年5月20日），是中华民国国民政府时期的最高行政机关，统辖全国各地的中央政府，由以蒋介石为核心的中国国民党建立，宁汉合流后成为中国国民党政权，1928年东北易帜后成为代表中国的合法政府。
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南京国民政府
1926年，国民革命军攻克了湖南、湖北、江西和福建的主要城市，于是广州国民政府联席会在11月决议将国民政府北迁武汉，即为国民政府。然此时的国民政府受到苏联以及共产党所影响，引发国民党右派对于左派亲共的不满。
1927年，北伐军攻克了上海与南京，蒋介石于3月抵达上海后，决定实行"清党"，并于4月18日成立南京国民政府。在成立大会上﹐发布了中国国民党中央政治会议关于奠都南京的宣言以及《国民政府宣言》﹐提出国民革命方略四条。
南京国民政府采取委员制﹐由蒋介石﹑胡汉民﹑张静江﹑吴稚晖等十二人为政府委员﹐胡汉民为政府主席﹐蒋介石为国民革命军总司令﹐吴稚晖为总司令部政治部主任。政府各部门设有﹕秘书长(钮永建)﹐财政部长(古应芬﹐钱新之代)﹐外交部长(伍朝枢)﹐民政部长(薛笃弼)﹐司法部长(王宠惠)﹐大学院院长(蔡元培)。
政府辖区包括江苏﹑浙江﹑安徽(一部)﹑福建﹑上海﹑南京﹑广东﹑广西等。也开始形成宁汉分裂之局面；直到8月武汉的国民党与国民政府执行分共清党，以及蒋介石在汪精卫的要求下辞去总司令之后，才宣布合作。
1928年6月，革命军进入北京，国民政府在15日发表全国统一的宣言，12月29日，东北的奉系将领张学良通电南京宣称接受国民政府管辖。蒋介石领导的革命军北伐成功后，南京国民政府正式获得国际承认为中华民国政府。
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