肉眼是不具备识别转基因农作物的本领的，网上无论多少种、多么详细的肉眼识别教程，都无法做到尽善尽美的识别。对于转基因农作物的识别，唯有依赖于科学的鉴定方法，方能对转基因农作物做出准确的判断。
目前来说，对于转基因的判断基本上采用分子手段来进行识别，只要是转基因基本上都带有抗性筛选标签的，而转基因农作物中（CRISPER/Cas9技术的农作物除外），抗性标签是很难除掉的，除掉的概率几乎为0，因此我们可以通过对抗性标签，比如卡那霉素标签基因、抗除草剂基因等来筛选是否是转基因，当然也可以通过鉴定转入基因的过表达启动子序列比如35S序列，设计引物特异性PCR扩增来鉴定农作物是否为转基因农作物。
目前市场也有多款转基因检测试纸可以快速鉴定市场农作物是否为转基因农作物，整个操作方法简便，快速，整个检测流程下来大约只需要15分钟。
怎样知道食品是否是转基因食品？
专家指出，按我国相关立法，若产品的主要原料中含转基因成分，应当在包装上加以注明，如果消费者不想购买转基因食品，一定要认真阅读食品标签，如买大豆油时，往往会看到小字标注“原料是转基因大豆”。
但若加工食品中含有转基因产品配料，却没有规定必须注明。如美式快餐店里的薯条，用的大都是转基因马铃薯品种；点心里的油脂，饭店里的烹调油，往往是转基因油。
所以在外就餐、购买加工食品时，遇到转基因食品成分的机会较大。相比之下，买国产果蔬（除番木瓜）、用花生油等来做烹调，几乎没有吃进去转基因成分的可能。多吃中国的杂粮杂豆，如小米、红豆等，也不会遇到转基因成分，而且其营养价值高。
