2009年8月，根据经中央编委和广东省委省政府批准的《深圳市人民政府机构改革方案》组建而成的行政机关。
改革的目的：贯彻大部制改革思路，理顺市场监管体制。为了解决工商行政管理、质量技术监督部门职能交叉、职责不清的问题，同时为加强商标、版权和专利以及食品安全等执法监督，充分发挥整合优势，有力保护知识产权，强化食品安全监管责任，本次机构改革将工商行政管理局、质量技术监督局、知识产权局的职责，以及卫生局餐饮环节的食品安全监管职责整合划入市场监督管理局。机构改革后，深圳市不再保留工商行政管理局（物价局）、质量技术监督局和知识产权局。
机构改革后，深圳市市场监督管理局成为深圳继公安局之后的第二大部门，其监管职责涵盖了原工商行政管理、质量技术监督、知识产权（商标、专利、版权）、物价、餐饮监管（其他地区属于食品药品监督管理局或者卫生局的职能）、酒类产品监管等部门职责。
