要罚款的。
《税收征收管理法》第十五条的规定，“企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当自收到申报之日起三十日内审核并发给税务登记证件。
工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。”
如果你没有按时去办理《税务登记证》，根据《税收征收管理法》第六十条的规定，“纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：……纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。 ”
现在过了2年多的时间了，理论上应该会罚款，而且罚款金额可能会高一点，但是只要你补交这一年来的税款，税务部门应该是懒得去罚那么多款的，毕竟他们最主要的任务是收税，而不是罚款。
不过，在一些大城市，税务部门的人力不足，就算一些小型个体户没有去办税务登记，也没有那么多的人力物力去进行处罚。但是在一些小地方，管理就会严格点了。
建议你赶紧去补办手续吧、事不宜再迟。
如果真的罚款，而且罚款数额不低，那么建议你注销了现在这个营业执照，重新办一个营业执照算了。
