"机理
机理是指事物变化的理由与道理。在化学动力学中，所谓“机理”是指从原子的结合关系中来描绘化学过程。在化学气相沉积中，机理的含义更加广泛。如果其过程是动力学控制的，机理是指原子水平的表面过程。
机制
“机制”一词源于希腊文, 原指机器的构造和运作原理，借指事物的内在工作方式，包括有关组成部分的相互关系以及各种变化的相互联系。其在《辞海》中的几个解释分别是：①用机器制造的；②机器的总体构造和工作原理； ③有机体的构造、功能和各器官间的相互关系；④某个复杂的工作系统或某些自然现象的演变规律。在Merriam-Webster词典中，其一个主要的解释是“涉及或导致某些行动，反应和其它自然现象的一系列相关的基本活动或过程”。（第11版，世界图书出版公司，p455）北京校对工作室。
“机制”指的是有机体的构造、功能和相互关系，泛指一个工作系统的组织或部分之间相互作用的过程和方式，如：市场机制、竞争机制、用人机制等。
后来，生物学、医学通过类比借用此词，它们的“机制”就是生物(包括人)的功能，也了解它的内在工作方式，包括有关生物结构组成部分的相互关系，以及其间发生的各种变化过程的物理、化学性质（魏江，许庆瑞：企业技术创新机制的概念、内容和模式，1999年第11卷第6期，科技进步与对策）。北京校对工作室。从机制的演绎看出，机制一词用于机器，还是生物学、医学，均包含两个特质:一是其组织部件和结合方式，二是其内在的本质联系，即必然规律性。
所以不管对自然科学还是社会科学而言，对机制的理解主要包括三个方面的内容，即构造、运行及功能。构造涉及到要对象的组成，该组成决定了运行的情况和功能的本质。如石头放在阳光下不发生光和作用而树叶可以发生，根本原因是其构造不同。而运行指因为构造体之间的相互作用而体现的一种特有的秩序。任何机制必然导致某种功能，没有无谓的机制。
在社会科学中，“机制”即指一定机构或组织的机能, 以及这个机构或组织与其机能之间的相互作用关系。
在经济学中,“机制”范畴的使用一方面表明把社会经济活动当作一个生命机体看待; 一方面表明经济研究由抽象的经济关系拓展到经济机体及其机构、机能问题研究。
在实际研究中，还会涉及到竞争机制、扩散机制、调节机制、决策机制等，但它们都可以蕴含在以上三个机制之中。
区别
机制是一种体制或称体系,是框架下形成的整体,“机制”由有机体喻指一般事物，重在事物内部各部分的机理即相互关系。机理只是一个理念,由相关数据及事实构成,作为机制组成的一部分.
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