不同的单位待遇不同，不能一概而论那种单位更好。差额和全额事业单位的工资计算公式是不一样的，一般上，差额单位略高于全额单位。全额单位的工资由财政保障，差额单位是财政只拨付一部分，其他部分由所在单位自己通过其他渠道解决。至于退休后的待遇在实行养老金并轨之后，就基本相差不大了。
全额拨款事业单位，执行国家统一的工资制度和工资标准。在工资构成中，固定部分为70%，活的部分为30%。这些单位在核定编制内实有人数的基础上，可实行工资总额包干。
差额拨款事业单位按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算;单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。差额单位的工资有一部分是需要单位在自己的收入中补齐的，如果单位效益不好，不给的话，工资就比全额的低，补齐的话就应该比全额的工资高。
差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。
拓展资料：
事业单位是我国特有的，按照经费来源划分，如上面各位所述：自收自支事业单位、全额拨款事业单位、差额拨款事业单位。按照组织机构划分可分为：国家机关、企业、事业单位、社会团体、其他机构。
其中，国家机关包括：国家权力机构、国家行政机构、国家司法机关、党派组织、人民政治机构；事业单位包括：农、林、水利、气象事业单位、文教卫生事业单位、科学研究事业单位、勘察设计事业单位、社会福利事业单位、城市公用事业单位、交通事业单位等。
全额预算管理的事业单位是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。这种管理形式，一般适用于没有收入或收入不稳定的事业单位，如科研单位、卫生防疫、工商管理等事业单位，即人员费用、公用费用都要由国家财政提供。采用这种管理形式，有利于国家对事业单位的收入进行全面的管理和监督，同时，也使事业单位的经费得到充分的保证。
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