中药里也有“豆蔻”，以“豆蔻”为名的中药有四味，即肉豆蔻、草豆蔻、白豆蔻和红豆蔻。四种豆蔻均富含挥发油，具芳香之气，性温而作用于中焦，辛，温。归肺、脾、胃经。现代研究认为豆蔻的功效与作用还包括：能促进胃液分泌，增强胃肠蠕动，制止肠内异常发酵，祛除胃肠积气，有良好的芳香健胃作用，并能止呕，为临床常用的帮助消化、促进胃肠动力药。因其名称相近，功用类同，临床应用大致相同稍有区分，现分别介绍如下。
肉豆蔻肉豆蔻，又名玉果、肉果等，首载于《药性论》。为肉豆蔻科常绿高大乔木肉豆蔻的成熟种子。其性味辛温，入脾、胃、大肠经，有温中行气、涩肠止泻之功，尤以“温涩”见长。用于治疗脾胃虚寒气滞或脾(肾)阳虚所致的久泻、五更泻、脘腹胀痛、食少呕吐等症。
草豆蔻草豆蔻，始载于《雷公炮炙论》。为姜科多年生草本植物草豆蔻的干燥成熟种子。和白豆蔻有同样性味与归经，具健脾燥湿、温中行气之功，尤以“温燥”见长。主要用于治疗寒湿阻滞脾胃或脾胃虚弱所致的胸脘满闷、呕逆、腹泻腹痛等症。
白豆蔻白豆蔻，又名紫豆蔻、白蔻仁，始载于《本草拾遗》。为姜科多年生草本植物白豆蔻的干燥成熟果实。其性味辛温，入肺、脾、胃经，有化湿温中、行气止呕之功，尤以“温化”见长。常用于治疗湿阻脾胃、气机失调或脾胃虚寒所致胸脘胀满、不思饮食、反胃呕吐、舌苔浊腻等症。
红豆蔻红豆蔻，首载于《开宝本草》。为姜科植物大高良姜的干燥成熟果实，外表呈红棕色。其性味辛温，有温中散寒、醒脾燥湿、解酒消食之功，尤以“温里”见长。常用于治疗脘腹冷痛、泄泻以及饮酒过多所致的呕吐等症。
豆蔻的对症用法
对湿阻气滞，豆蔻可与苍术、半夏、陈皮等同用。用于气滞胸闷之症，豆蔻可配厚朴、枳壳等同用。用于湿温初起，如属热盛者可配黄芩、连翘、竹叶等同用;湿重者可合淡渗利湿之品如滑石、苡仁、通草等同用。用治胃寒呕恶，常合半夏、藿香、生姜等同用。治小儿胃寒吐乳，可配砂仁、甘草共研细末，常渗口中。宜：脾胃气滞，食欲欠香，不思纳谷，胸闷腹胀，嗳气反胃，舌苔厚腻者宜食。
《本草纲目》言：“豆蔻治病，取其辛热浮散，能主太阴、阳明，除寒燥湿，开郁化食之力而已。南地卑下，山岚烟瘴，饮啖酸咸，脾胃常多寒湿郁滞之病。故食料必用，与之相宜。然过多亦能助脾热，伤肺损目”，故阴虚内热，或胃火偏盛，口干口渴，大便燥结者忌食;干燥综合症及糖尿病人忌食，使用豆蔻亦不可过量。
