关于违章建筑买卖合同的效力问题，在法学理论上主要有三种观点：合同无效说、合同效力待定说和合同有效说。
（一）合同无效说
该说认为由于违章建筑违反了法律、行政性法规的强制性规定，具有先天的违法性。因此，订立的以违章建筑为标的物的买卖合同也就因违反法律、行政法规的强制性规定而随之无效。
（二）合同效力待定说
该说认为应以违章建筑是否可以经过补办手续转变为合法建筑为标准确定合同的效力。即在合同订立之后，违章建筑的买卖合同因违章建筑的不确定状态而处于效力待定状态，如果违章建筑人依法补办了有关土地管理和城市规划方面的手续，使违章建筑转化为合法建筑，合同的效力得以补正而成为有效合同；相反如果不能通过补办相关手续而改变违章建筑的违法状态，合同就归于无效。
（三）合同有效说
该说认为虽然违章建筑在公法上被否定，但当事人在私法上订立的违章建筑买卖合同效力应不受影响，是有效的，理由在于买卖合同的债权效力取决于订立该买卖合同是否符合生效要件，与出卖人的物权处分行为的效力无关。违章建筑的违法性不能阻却买卖合同的有效成立，违章建筑由于先天的违法性导致无法进行初始登记，这只是导致违章建筑的物权变动受到影响，却不能影响买卖合同的效力。
通过前面的案例，不难看出对于违章建筑的买卖合同，最高法院实际上是采用了第二种观点，即合同效力待定。那么，什么情况下违章建筑买卖合同有效，什么情况下又无效呢？
最高法院的这一观点，在《物权法》上其实已经有明确的规定。我国《物权法》第十五条规定：“当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。”可见，关于物权变动登记的规定，我国物权法实质上是采取登记要件主义为一般原则，而登记对抗作为特别例外的规定。因此，合同当事人无法办理产权过户登记并不会导致违章建筑买卖合同必然无效。
效力待定合同是一种效力不确定的合同，但它并没有违反强制性的规定和社会公共利益，因而法律对这种合同并不实行国家干预，强行使其无效，而是把选择合同是否有效的权利赋予当事人和真正权力人，体现了合同自由和私法自治的精神，也贯彻了鼓励交易的原则。从本案例的判决看，在违章建筑买卖合同中，合同的效力取决于违章建筑人补办相关手续这一特定事实，即只要合同订立之后，违章建筑人依法补办了有关土地管理和城市规划方面的手续，违章建筑就从违法转为合法，合同的效力得以补正而有效；相反，如果不能补办相关手续的，则合同应归于无效。也就是说，程序违建的买卖合同在补办相关手续使其成为合法建筑后，合同效力从待定转为有效，而实质违建的买卖合同则无效。
