真核微生物的基因重组机制比原核微生物复杂，除了具有遗传转化、原生质体融合这两种类似于原核微生物的基因重组方式外，还可进行有性杂交和准性生殖。
1.有性杂交
真核微生物存在有性繁殖过程，其生活史多数具有二倍体阶段。在这个过程中，有些真菌可产生单倍体结构进行接合形成有性孢子，从而使得遗传物质发生重组。有性杂交是指在微生物的有性繁殖过程中，两个性细胞(或菌丝)相互接合，通过质配、核配后形成双倍体的合子，合子随后进行减数分裂．部分染色体可能发生交换而进行随机分配，由此而产生重组染色体及新的遗传型，并把遗传性状按一定的规律性遗传给后代的过程。凡是能产生有性孢子的酵母菌和霉菌，都能进行有性杂交。尽管如此，有性繁殖在真核微生物的生长繁殖过程中并不普遍，仅在特定条件下存在，而且一般培养基上不常出现。常见的有性孢子形式有卵孢子、接合孢子、子囊孢子、担孢子。
2.准性生殖
准性生殖是丝状真菌,特别是不产生有性孢子的丝状真菌如半知菌类特有的遗传现象。
这种生殖是指异核体（单个生物个体中含有两种或两种以上基因型）细胞中两个遗传物质不同的细胞核可以结合成杂合二倍体的细胞核。这种杂合二倍体的细胞核在有丝分裂过程中可以发生染色体单倍体化,最后形成遗传物质重组的单倍体的过程。也就是不经过减数分裂就能导致基因重组的生殖过程。
