相同点：它们都具有细胞膜、细胞质和遗传物质。
不同点：
一、特点不同
1、原核微生物
① 核质与细胞质之间无核膜因而无成形的细胞核（拟核或类核）；RNA转录和翻译同时进行。
② 遗传物质是一条不与组蛋白结合的环状双螺旋脱氧核糖核酸（DNA）丝，不构成染色体（有的原核生物在其主基因组外还有更小的能进出细胞的质粒DNA）。
③ 以简单二分裂方式繁殖，无有丝分裂或减数分裂。
2、真核微生物
①核发育完全（有核膜将细胞核和细胞质分开，两者有明显界限）。
②有高度分化的细胞器，如线粒体、中心体、高尔基体、内质网、溶酶体和叶绿体。
③进行有丝分裂。
二、结构不同
1、原核微生物
原核生物仍拥有细胞的基本构造并含有细胞质、细胞壁、细胞膜、以及鞭毛的细胞。细胞壁不包括所有的原核生物，原核生物有一个例外：原核生物中，除了支原体，其余的都有细胞壁；支原体是唯一不具有细胞壁的原核生物。
2、真核微生物
真核细胞与原核细胞相比，个体更大，结构更复杂，显著特征是有明显的细胞核，还有一些由膜包裹的细胞器。有细胞壁的真核细胞其内部为原生质体，由细胞质膜包裹着，其中为细胞质和细胞核。细胞质是透明而黏稠的溶胶，由各种细胞器及其他物质组成。
除细胞器以外的胶状溶液为细胞浆或称细胞基质。内含细胞骨架、各种酶、储藏物质等内含物。真核微生物主要包括真菌、显微藻类和原生动物等。
三、常见分类不同
1、原核微生物
1）菌类
菌类包括细菌、放线菌和真菌；真菌又分酵母菌、霉菌和食用菌；细菌和放线菌属于原核生物，而酵母菌、霉菌（毛霉、曲霉、青霉）和食用菌（如银耳、黑木耳、灵芝、菇类）属于真核生物。
2）藻类
蓝藻（如色球藻、念珠藻、颤藻、螺旋藻）属于原核生物；红藻（如紫菜、石花菜）、褐藻（如海带）属于真核生物。
2、真核微生物
1）原生动物
原生动物是动物中最原始、最低等、结构最简单的单细胞动物。在动物学中被列入原生动物门。因其形体微小，长度在10～300 µm，需在光学显微镜下才能看到。
2）真菌
真菌的细胞构造包括细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、线粒体、核糖体、内质网、高尔基体、液泡等。
参考资料来源：百度百科－真核微生物
参考资料来源：百度百科－原核生物
