1、农村自建房屋肯定有土地证。
2、你可以和你的祖父签订协议，但协议内容可以涉及到赠与，如果你祖母也在，协议必须要双方签字还需要无血缘关系的见证人。这样的协议是受到法律效力的。如果担心害怕其他情况的发生，可以带2老到公证处公证协议。
3、签定后这三间的房屋使用权及所有权是属于我的？关于这个问题，我只能告诉你，你对于三间房屋只有使用权，及所有的权利但不包括属于权，因为土地是国有的，是国家的。
4、农村自建房屋如果可以的话尽量去房产局进行房屋办理证，但是很有可能是要用到土地证被回收换房产证，我们这里是这样，因为当时这里城市规划，很多房屋只有土地证，所以都是用土地证换房产证，或者说是换其他所属的协议。目前换的地方也没有证，但是村里头会统一帮忙办理的。已经算是和规划局有协议的。
5、可以到你们当地的房产局问问，因为很多地方的政策不一样。以上第二条这个协议是律师介绍给我们家的。所以我也推荐给你。
