申请组合商标主要的弊端有：
1 申请风险大
对于中文商标、字母商标和图形商标组合的商标，商标局会将其拆开来分别审查，只要有一个元素和别人商标中的相同元素构成相同或近似，就会将该商标整体驳回。
我们采用分开注册的方法，即使其中的某个商标因为商标的在先权利而被驳回了，也不影响其它部分的申请，这样可以大大提高商标的注册成功率。
2 使用不方便
组合申请的商标，使用的时候不能拆开、不能更换位置，必须按照申请注册时候的样式使用，非常的不方便。
《商标法》规定：注册商标需要改变其标志的，应当重新提出注册申请。不过，分开注册的商标却可以组合使用。
商标分开注册的话，会显得非常的灵活，例如耐克的标志，“对勾”和“NIKE”都可以单独使用，也可以随意组合，设想如果注册的是组合商标，不能随意更改组合位置，是不是非常不方便。
3 审查时间长
组合注册的商标其审查速度会比单一注册的商标相对较慢，因为每部分都要分开审查，导致审查效率降低。
而单一注册则互不影响，审查时间相对较快，目前商标申请注册周期长，早些将商标申请下来，企业才能够无所畏惧的发展！
4 不易于维权
如果注册的是组合商标，侵权人仅仅使用组合商标中一小部分，法院不一定会认定侵权人使用的商标与组合商标是近似商标。
而我们分开注册的话，每一个商标都独立而显著，一旦遇到侵权行为，很容易判断是否侵权，易于我们维护自身合法权利。
