1、资源投入方面的问题
(1)人员素质差。从业人员的文化素质相对较低，大专以上学历人员比例小，专业技术人员少，为数众多的乡以下小企业甚至没有具有专业技术职称的技术人员和大专以上学历人员。小型企业所有者的素质也相对低下，许多所有者往往凭经验和感觉进行管理，容易导致决策的失误，这也是许多小企业成长不起来或破产的原因。
(2)技术装备水平落后。小企业的人均固定资产原值远远低于大企业，仅为大企业的l/4，而且设备陈旧落后。从地区来看，占小企业绝大多数的农村工业企业中，相当一部分使用的是城市淘汰的旧设备，中西部一些企业又是使用东部淘汰的设备；从行业来看，以中小企业为主的机械、棉纺行业中，机床出厂年限属于70年代甚至以前的占全部机床的比重高达38.1%，棉布织机该比重也高达31.7%。
(3)信息来源渠道不畅，信息收集手段落后。现阶段，绝大多数中小企业自行搜集信息，信息收集成本较高，由于缺乏高素质的信息分析人员，信息利用效率较低。对信息中介组织的利用程度低。
(4)融资渠道过于单一。中小企业的资信差，抗御风险的能力弱，难以像大企业那样自由进入金融市场，在我国对中小企业直接融资严格加以限制。间接融资成为中小企业筹集资金的主要形式，而银行出于自身风险的考虑，对中小企业贷款要求提供担保，而我国对中小企业的信贷担保不足，导致中小企业贷款困难重重。
2、运营能力方面的问题
(1)财务风险高。我国中小企业普遍资产负债率偏高，其中中小工业企业资产负债率平均高于大型企业7个百分点，而流动比率偏低，中小工业企业流动比率低于大型企业10个百分点。这说明我国中小企业偿债能力不足，财务风险较高。
(2)管理风险高。中小企业由于规模较小，资源有限，一般没有能力实现管理职能的专门化，管理工作不少是由企业所有者自己兼任，或者是把各种管理职能尽可能地加以简化合并后集中于少数几个人手中。由于管理者缺乏专门的专业化训练，管理水平较低，管理方式表现为简单化和集权化，往往造成企业内劳资关系紧张，人员流动频繁，严重影响中小企业的经营绩效。同时大多数中小企业缺乏战略管理能力、组织创新能力，使中小企业的管理风险加大。
(3)产品风险大。中小企业产品质量状况与经济发展要求有较大差距，产品档次低，质量差，抽查合格率低，假冒伪劣商品屡禁不止，优难胜、劣不汰现象较为普遍。
3、中小企业宏观管理方面的问题
（1）宏观管理体制不顺畅
目前，我国有乡镇企业管理局、中小企业管理局、工商行政管理局、企业管理协会以及一些地方性生产力促进委员会等机构分别对中小企业中的某一所有制类型或企业活动的某些环节进行管理，导致政出多门、职能交叉、多头管理，使地方和企业无所适从。政府对中小企业的状况和发展趋势缺乏全面掌握，更缺乏对中小企业进行宏观管理的规划、引导、监督和扶持。
(2)经济政策不公平
我国目前的经济政策主要是依据所有制类型和行业特性来制定的，而不是根据不同规模的企业所具有的不同行业特性来制定的，在经济政策上经常自觉或不自觉地偏好于大企业。如国家给非国有小企业的贷款规模过小，使之处于不平等的竞争地位。国家银行的呆账准
备金、资本结构优化扶持金、新增贷款和新增上市额度等优惠政策几乎全对大中企业倾斜。另外，中小企业还负担着各种税收构成以外名目繁多的收费。
(3)法律保障体系不完善
现在，我国对中小企业针对性较强的法律条文，主要是《城镇集体所有制企业条例》和《乡镇企业法》。但这两部法规是按所有制性质和不同的组织形式分类立法的，缺乏统一的立法标准和行为规范，容易导致不同所有制性质和不同组织形式的小企业在法律和权力地位上的不平衡发展和不规范运作。
(4)社会服务体系不健全
一方面社会中介机构往往设在政府部门，较少对中小企业直接开放，即使向中小企业开放，中小企业也很难得到有效的服务，而且服务对象往往局限在本系统、本部门的小企业内；另一方面有些中介机构的设立，带有浓厚的官办色彩，中介服务的好坏没有同工作人员的利益结合在一起，缺乏为企业主动服务的内在动力。另外，新创立的一些商业性较强的中介公司，服务收费昂贵，中小企业难以承受。中小企业发展中存在的诸多问题，单靠中小企业自身是难以解决的，政府必须在其中扮演重要角色，这已为世界各国的经验所证实。
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