员工离职HR部门一个科学完整的工作程序应该如下：
第一步：准备工作。这一步是解除或者终止劳动合同前要做的相关准备工作，一般侧重于双方权利与义务方面信息及资料准备。
第二步：告知。员工决定离职，需要告知或者通知对方请对方接受信息。
第三步：准备离职面谈。劳动合同的解除或者终止，无论是企业提出还是个人提出，企业的人力资源者都要做好离职面谈，发现企业管理存在的问题。
第四步：清理。企业人力资源部和离职员工都需要清理企业与离职员工权利与义务的事务。比如：其次，员工离职时应第一时间检查员工合同，保密协议，相关的竞业协议等查漏补缺，以免出现后期的劳资纠纷；
第五步：交接。做好工作交接工作，一边后来接班的新员工能够顺利开展工作。比如：当员工离职时，HR应该配合员工所在部门尽量挽回对公司的损失比如客户资料，应第一时间派新负责人和客户做沟通，告诉他们和他们工作对接的人现在换成了新的某某人；
第六步：资料存档、结束。
逐步检查每一步没问题视为本次离职结束。
