细菌的基本结构不能作为细菌分类的依据，对细菌的纯培养物进行个体形态的观察，如革兰氏染色反应、运动性的检查、产芽孢的能力、抗酸性反应等，菌落的培养特征，好氧或厌氧生长。生理生化的试验包括利用特定基质的能力，以及是否产酸、产气，特有的酶类的产生，还原或氧化培养基中特定成分。存在的生存环境等作为分类的依据，现在还引入分子生物学的知识进行分类。
现行的《伯杰氏系统细菌学手册》将细菌分为33组，其中包括螺旋体、真细菌、立克次氏体、衣原体、支原体、不产氧气的光合细菌、蓝细菌、出芽和（或）有附器的细菌、古细菌和放线菌等。具体参考《伯杰氏系统细菌学手册》去吧！
