根据《立法法》的规定，部门规章与地方性法规发生冲突时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
立法法
第八十六条 地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：
（一）同一机关制定的新的一般规定与旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；
（二）地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；
（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。
根据授权制定的法规与法律规定不一致，不能确定如何适用时，由全国人民代表大会常务委员会裁决。
