1、根部不同
扦插的苗木没有明显的主根，多生侧根，多偏向一个方向；嫁接的葡萄苗木根系比较发达，有明显的主根，同时要留取长势方向不同的五个侧根。
2、市场现象不同
嫁接葡萄苗的价格往往高出很多，但实际和扦插苗的成本每棵差几毛钱，所以销售利润相对比较大，促使很多苗商为了卖嫁接苗而去刻意嫁接。
3、发展不同
扦插葡萄用来克服某些品种的先天不足，如藤稔扦插苗生根慢、黑巴拉多扦插苗长势弱，强势砧嫁接苗扎根快长势好等。
4、抗寒、抗病上区别很大
嫁接苗有很好的抗性，但是同一个品种中扦插苗的成熟时间比所有的嫁接苗成熟时间都要早，扦插的耐寒性好。尤其在寒冷地区，嫁接苗可以埋土越冬，自根苗会受冻死亡。
5、开花结果速度不同
扦插的葡萄苗需要等扦插的的部分生出新根，成活后才能成长（开花结果），相对要慢些；嫁接的葡萄苗直接有受体的根供应营养和水分，相对开花结果要快，但可结出新的品种果实，改良受体的果实品种。
