有区别，区别是签注有效期不同
三个月一次指三个月内可往返一次
一年一次指一年内可往返一次
签注办理的具体流程如下
一、办理材料
1、《中国公民出入境证件申请表》
2、《居民身份证》
3、符合《出入境证件相片照相指引》标准的相片
4、申请事由的相关证明材料
（1）探亲的，提交被探望亲属在香港或者在澳门定居、长期居住、就业、就学证明复印件
（2）商务出行的
交验工商营业执照副本或者有关登记证书、税务登记证书并提交复印件，
企业机构出具的赴港澳商务活动事由说明
企业机构人员还须提交企业机构为本人交纳社会保险的凭证或者本人属于该企业机构的有关证明文件
（3）逗留的
赴香港随任、就学、就业、居留、培训人员或者作为受养人赴香港依亲的，交验香港入境事务处出具的相应进入许可原件，并提交复印件
赴澳门随任的，提交《驻澳门内派人员未成年子女随任身份证明表》
赴澳门就学的，交验《确认录取证明书》及澳门高等院校录取通知书原件，并提交复印件
赴澳门就业的
交验《“外地雇员逗留许可”名单》或者澳门人力资源办公室、澳门社会文化司出具的有申请人姓名的批准文件原件，并提交复印件
通过劳务经营公司申请赴澳门就业的，还须提交《对澳门特别行政区劳务合作项目审核表》复印件
赴澳门就业人员的亲属，交验澳门治安警察局出入境事务厅出具的批准通知书原件，并提交复印件
二、办理流程
（1）预约办理
登陆公安出入境网上办事平台，并点击预约申请
（2）前往办理点提交材料
（3）缴费，领回执单
（4）取件
三、办理费用
一次往返签注 15 元，二次往返签注 30 元，一年多次签注 80 元
资料来源：
