两者只有一个区别，仅在于签注有效期不同：一年往返一次的签注有效期为一年；三个月往返一次的签注有效期为三个月。
三个月一次，就是该签注3个月内可以去一次；而一年一次就是签注1年内可以去一次。如需在有效期内多次往返，可根据签注种类申请办理三个月多次有效、一年多次有效。
内地居民申请往来港澳签注提交资料：
1、填写《中国公民出入境证件申请表》；
2、有效往来港澳通行证（同时申请往来港澳通行证的除外）；
3、与申请事由相关的申请材料。
内地居民按照国家移民管理局有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳签注的，还须提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明。军人、登记备案的国家工作人员，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意办理出入境证件的函。
未实行按需申领护照地区的内地居民，还须按照有关规定出具相关证明材料。
扩展资料：
签注办理基本流程：
（一）申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理部门提交申请材料并按规定采集指纹信息；
（二）受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具《受理申请回执单》；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
（三）审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定，不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
（四）申请人领取证件。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证
参考资料来源：国家移民管理局-往来港澳通行证和签注签发服务指南
