进项抵扣不足问题
建议规模较小或具有其他特殊情况的建筑企业，可以自行选择按简易办法纳税，适用3%征收率。建筑企业本身也需要加强财务核算和经营管理，尽量与能提供增值税专用发票的供货方合作，争取抵扣更加充分。
根据营业税改征增值税试点方案，“营改增”后建筑业适用11%税率，与现行营业税3%的税率相比，提高了8个百分点。理论上讲可以通过进项抵扣降低税负，而且建筑业可以抵扣的项目很多，比如钢材、混凝土等建筑材料，以及运输费用等。但由于难以取得增值税专用发票等，建筑业进项抵扣不足的问题比较突出。一是人工费无法抵扣，而建筑业是劳动密集型行业，人工费支出占总成本的20%左右；二是部分建筑材料供应商为小规模纳税人甚至无证经营户，难以取得增值税专用发票；三是作为主要原材料的商品混凝土可按简易办法纳税且适用3%的征收率，而建筑业销项适用11%的税率，进销税率相差达8个百分点；四是层层转包、工程项目垫资和中标下浮等问题也是影响建筑业进项抵扣的重要因素。
纳税地点确定问题
建筑行业跨地区经营情况非常普遍，“营改增”以后，建筑业纳税地点及税收归属问题，是各方关注的焦点。现行营业税政策规定，纳税人提供建筑劳务，应当向劳务发生地税务机关纳税。以建筑劳务发生地为纳税地点，符合建筑作业流动性大、施工复杂的特点，也便于税收征管。“营改增”以后，在机构所在地纳税还是在劳务发生地纳税，是个需要明确的问题。如果选择在劳务发生地纳税，将对施工企业的财务核算能力提出很高要求；如果选择在机构所在地纳税，又会产生企业所在地税务机关因无法确切掌握异地工程的施工进度、财务状况等实际问题，难以监管到位。建筑业税收占地方政府税收的比重非常高，有的地方建筑业和房地产业税收占地方税收的比例高达80%，税收归属问题关系到地方政府利益，历来备受关注。
建议参考《邮政企业增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2014年第5号）、《铁路运输企业增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2014年第6号）等规定，跨地区经营劳务发生地就地预缴增值税，机构所在地统一结算补缴。
纳税义务时间问题
按现行营业税政策，纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。但现实情况是建筑业存在预付工程款、合同完成后一次性结算价款，以及大型项目采用按工程进度支付款项、竣工后清算等结算方式。建筑业“营改增”后，会出现大量工程施工与营业收入不匹配、税款征收入库波动大的现象，如何解决纳税义务发生的时间，也是需要关注的问题。按照目前增值税管理的有关规定，建筑业“营改增”后，其建筑劳务纳税义务发生时间应为提供应税服务并收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天。先开具发票的为开具发票的当天。采取预收款方式的，其纳税义务发生时间应为收到预收款的当天。
为合理解决建筑工期长、工程收入支出周期与增值税的纳税周期不匹配的问题，建议按照权责发生制原则，以工程进度百分比法确认当期工程收入，并据此以一定的征收率计算和预征增值税，在工程竣工时统一结算。
