1、倒逼企业索取进项税额。
过去，一些建筑企业只接项目不做项目，层层分包坐地分成。营改增会倒逼企业索取进项的专项增值税发票，层层分包的模式将难以为继。
2、对于企业控制成本提升难度。
全面营改增后，建筑业税率由3%营业税上升到11%增值税（小规模纳税人可选择简易计税方法征收3%增值税），单看税率在四大行业中涨幅最大，虽然税基由营业额转变为增值额（即销项税额减去进项税额），产生大量抵扣，但仍对于企业控制税务成本提出了很大的挑战。
3、使建筑企业投标工作变得复杂化。
如投标书的编制中有关原材料、燃料等直接成本不包含增值税进项税额，实际施工中，编制标书中很难准确预测成本费用能够取得增值税进项税额。建设单位招标概预算编制将发生重大变化，相应的设计概算和施工图预算编制也应按新标准执行，对外发布的公开招标书内容也要有相应的调整。
4、引起企业资产负债率上升。
由于建筑施工企业购置的原材料、辅助材料等存货成本和机械设备等固定资产需要按取得的增值税发票扣除进项税额，这样，企业的资产总额将比没有营改增前有一定幅度下降，引起资产负债率上升。
5、税制改革对联营合作项目冲击大。
在施工企业内部，联营合作项目普遍存在，联营合作方大部分不是合法的正规企业，且部分合作方是自然人没有健全的会计核算体系，工程成本核算形同虚设，采购的材料、分包工程、租赁的机械设备和设施料基本没有正式的税务发票，也没有索取发票的意识。
但在增值税下，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额，如果联营合作项目在采购、租赁、分包等环节不能取得足够的增值税专用发票，那么增值税进项税额就很小，可抵扣的税款较少，造成实际税负较大。
参考资料来源：人民网-营改增“收官”：四大行业影响几何
