对于挂靠的纳税主体，《营业税改征增值税试点实施办法》规定，单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）发生应税行为，承包人以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以发包人为纳税人；否则以承包人为纳税人。这个规定需要注意两个关键点：一是承包、承租和挂靠虽然成因不同，但在纳税主体处理上统一；二是看以谁的名义经营，就以谁作为纳税主体。
挂靠相关的另一个问题是，挂靠人的收益如何缴税？通常情况下，挂靠方和被挂靠方约定被挂靠方取得管理费性质的固定收益，而项目的剩余收益由挂靠方取得。关于挂靠方自然人取得这部分剩余收益的缴税问题，《国家税务总局关于个人对企事业单位实行承包经营、承租经营取得所得征税问题的通知》（国税发〔1994〕179号）规定，承包、承租人按合同（协议）的规定只向发包、出租方交纳一定费用后，企业经营成果归其所有的，承包、承租人取得的所得，按对企事业单位的承包经营、承租经营所得项目，适用5%~35%的五级超额累进税率征税。
挂靠方项目部账务是否并入被挂靠方公司账务？
理论上讲，既然挂靠方项目部以被挂靠方名义施工，应统一并入被挂靠方账务体系。营改增前，在项目所在地单独缴纳营业税后，共同申报整个建筑企业的所得税。
但实务中仍存在众多项目部账务独立在外的情况，被挂靠方施工企业私自隐瞒挂靠项目部情况，挂靠方项目部账务只需要对实际挂靠人负责，根本不对外，在操作过程中一些项目部的账务出现核算不规范、票据不健全的严重情况，造成国家税收流失的同时给双方带来巨大的财税风险。
