这个合同本身是一份有效地合同。
1、你父亲签订那个合同后，村里集体组织或其他任何组织（国有林场）并没有提出异议，说明你父亲转包出去的那块地的承包权属于你父亲，那么根据《农村土地承包法》第三十二条规定：通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。所以你父亲有权将自己的承包地进行转包。
2、你父亲与那家公司签订的转包协议内容、形式符合《合同法》、《农村土地承包经营权流转管理办法》中的规定。
3、关于违约责任的约定，根据《合同法》第一百一十四条规定：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。”所以只要当初的约定是自愿达成的，这一条就成立。
4、该合同的有效约定期是到2006年6月30日止。
5、该转包合同虽然没有办理备案手续，有一定的瑕疵，但根据最高法的司法解释：承包方依法采取转包、出租、互换或者其他方式流转土地承包经营权，发包方（即村集体经济组织）仅以该土地承包经营权流转合同未报其备案为由，请求确认合同无效的，不予支持。所以总体上合同本身还是有效的。
以上是就你所问的合同的效力问题的一点粗浅的见解，供你参考。至于说到现在，由于合同已经过了约定的履行期，合同自然解除。由此而发生的债权债务关系可以自行协商解决，也可以提起诉讼或仲裁。
“农村以前有规定，荒地谁种树进去，该土地就是谁的”这种说法是不对的。其实在农村村民自行开荒种地古已有之，至今不绝，不过一般根据《土地管理法》及其配套法规政策等规定，农民自行开垦的小片荒地，其拥有优先承包权，可以长期承包使用（《土地管理法实施条例》规定：一次性开发未确定土地使用权的国有荒山、荒地、荒滩600公顷以下的，按照省、自治区、直辖市规定的权限，由县级以上地方人民政府批准；开发600公顷以上的，报国务院批准。开发未确定土地使用权的国有荒山、荒地、荒滩从事种植业、林业、畜牧业或者渔业生产的，经县级以上人民政府依法批准，可以确定给开发单位或者个人长期使用，使用期限最长不得超过50年。）。如果开垦的是集体所有的荒地，则土地所有权归集体，如果是国有的荒地，则土地所有权属于国有。如果现在那片地里都是种的树木，你们双方当事人协商后乙方已明确不再要了，算作承包费抵给了你父亲，那你父亲就拥有了对那块地里树木的所有权，但根据《林业法》的相关规定，砍伐树木必须要经过当地林业部门许可，所以你父亲也是不能乱砍想怎么砍就怎么砍的。
