“双一流”建设高校及建设学科的认定遴选程序主要分为四个步骤：
第一步，根据《总体方案》《实施办法》，组建“双一流”建设专家委员会，充分发挥高层次战略专家作用，具体承担遴选认定和审核建设方案的有关工作。
第二步，依托专家委员会，以学科为基础，确定遴选认定标准，产生拟建设高校名单及拟建设学科。具体分为三个环节：首先，综合考虑有关第三方评价的权威性、影响力及高校认可度，论证确定采用的第三方评价结果;然后，以中国特色学科评价为主，特别是反映人才培养和学科水平的评价，酌情参考国际评价，统筹考虑国家战略、行业区域急需、不可替代性等因素，论证形成一流学科建设高校认定标准;最后，根据认定标准，遴选产生137所一流学科建设高校建议名单，随之对应产生了拟建设学科。
在一流学科建设高校建议名单基础上，综合评价论证提出42所一流大学建设高校建议。一流大学建设高校重在一流学科基础上的学校整体建设、重点建设，全面提升人才培养水平和创新能力;一流学科建设高校重在优势学科建设，促进特色发展。此后，根据专家委员会的建议，三部委审议确定“双一流”拟建设高校及拟建设学科名单。
第三步，确定拟建设高校的建设方案。拟建设高校编制论证建设方案，经所属省级人民政府或主管部门审核后，报三部委。专家委员会对拟建设高校的建设方案进行审议咨询，首先把牢政治关，其次坚持综合评价和内涵发展导向，逐校对建设方案提出具体咨询意见。三部委研究后，根据咨询意见通知有关高校修改完善建设方案，并对修改完善情况进行核对把关。
第四步，三部委根据专家委员会意见，研究确定一流大学、一流学科建设高校及建设学科，报国务院批准。
